W przypadku przedsiębiorców będących podatnikami VAT bardzo często praktykuje się pobranie od nabywcy części bądź całości wynagrodzenia, tj. przedpłatę, zaliczkę lub zadatek. Zostaje ona tworzona jeszcze przed dostarczeniem czy wydaniem towaru lub wykonaniem usługi.

W takim przypadku wedle przepisów, które określone są art. 19 ust. 11 ustawy o VAT w takim wypadku musi być wystawiona Zaliczkowa faktura VAT, a termin podatkowy powstaje z chwilą jej wydrukowania, oczywiście wyłącznie od już otrzymanej kwoty. Kwestię wystawiania faktur zaliczkowych reguluje § 14 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie zwrotu podatku w razie wystąpienia takiej konieczności. Prawo to działa na mocy art. 106 ust. 3 ustawy o VAT. Faktura zaliczkowa, według wyżej wymienionego rozporządzenia musi być wystawiona nie później niż siedem dni po otrzymaniu zaliczki, części lub całej sumy od nabywcy. Procedura ta jest stosowana w przypadku każdej, kolejnej zaliczki. Faktura zaliczkowa druk winna spełniać te same wymogi co zwykła faktura VAT- na temat której można przeczytać w programie do faktur. Dobrze, jeśli zawiera dodatkowo umowę, na podstawie której została wpłacona zaliczka czy też przedpłata, jak i również daty wystawienia i numery wszystkich poprzednich faktur zaliczkowych, wystawionych do tej samej umowy.

W świetle prawa, faktura zaliczkowa jest często stosowaną formą zabezpieczenia dla sprzedawcy. Prawidłowo sformułowana i wystawiona faktura zaliczkowa jest także gwarancją dla kupującego, jako że wymienione jest na niej całe zamówienia i dołączony jest dokument, na podstawie którego wpłaca się pierwszą część kwoty całościowej.